Web Syllabus(講義概要)
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生命科学と機械学習
英文名 Machine Learning in Life Science
科目概要 未来工学研究科(修士課程)生命データサイエンス専攻修士1年~2年前期、専門科目、選択、講義、2単位
科目責任者  齋藤 裕
担当者 (※は実務経験のある教員) 齋藤 裕飯田 慎仁
講義室

授業の目的

本講義では、生命科学における機械学習の利用について、様々な事例を通して学ぶ。

教育内容

生命科学における機械学習の利用について、オミクスデータ解析、生物配列の言語モデル、生体分子の高次構造予測、機械学習と分子シミュレーションの融合、生物物理の理論を取入れたモデルなどの事例を通して学ぶ。それぞれの問題について、背景にある生命現象の理解がどのように機械学習モデルの構築に役立てられているかを学ぶ。これにより、生命科学における新しい問題を自分で見つけ、その問題を解くための機械学習モデルを着想するための思考力を養う。

教育方法

パワーポイントによる講義を行う。パワーポイント資料は講義前に配布する。毎回の講義では、理解度確認のために基礎的な内容の課題を出題する。また、数回の講義ごとに、応用的な内容のレポート課題を出題する。講義内課題については、提出後に模範解答を配布して解説を行う。レポート課題については、提出後に講評を行う。

卒業・学位授与の方針と当該科目の関連

DP1、DP2

授業内容(シラバス)

項目 内容 担当者 日時
1 イントロダクション 本科目で扱う生命科学の様々な問題について俯瞰する。本科目で必要となる機械学習の基礎知識について復習する。 齋藤 裕
4/9④
2 生物配列の言語モデル1 再帰型ニューラルネットワークやトランスフォーマーなどの深層学習モデルにもとづく生物配列の言語モデルについて学ぶ。 齋藤 裕
4/16④
3 生物配列の言語モデル2 言語モデルを用いた生物配列からの特徴抽出(分散表現)とその利用について学ぶ。 齋藤 裕
4/23④
4 オミクスデータ解析1 ゲノム解析、トランスクリプトーム解析のための機械学習モデルについて学ぶ。 齋藤 裕
5/7④
5 オミクスデータ解析2 エピゲノム解析、1細胞解析のための機械学習モデルについて学ぶ。 齋藤 裕
5/14④
6 オミクスデータ解析3 画像、ネットワークなどの多様なデータを解析するための機械学習モデルについて学ぶ。 齋藤 裕
5/21④
7 生体分子の高次構造予測1 タンパク質の高次構造予測のための機械学習モデルについて学ぶ。 齋藤 裕
5/28④
8 生体分子の高次構造予測2 RNA高次構造予測、ゲノム高次構造解析のための機械学習モデルについて学ぶ。 齋藤 裕
6/4④
9 生物物理と機械学習1 機械学習を用いた分子シミュレーションデータの解析について学ぶ。 飯田 慎仁
6/11④
10 生物物理と機械学習2 物理系の状態生成や反応速度計算のための機械学習モデルについて学ぶ。 飯田 慎仁
6/18④
11 生物物理と機械学習3 機械学習を用いた力場開発について学ぶ。 飯田 慎仁
6/25④
12 生物物理と機械学習4 生物物理と機械学習を組合せたモデルについて学ぶ。 飯田 慎仁
7/2④
13 生命科学における機械学習プログラミング1 生物配列の言語モデル、オミクスデータ解析、生体分子の高次構造予測における機械学習手法をプログラミングによって使用する方法について学ぶ。(演習形式)。 齋藤 裕
飯田 慎仁
7/9④
14 生命科学における機械学習プログラミング2 生物物理における機械学習手法をプログラミングによって使用する方法について学ぶ(演習形式)。 齋藤 裕
飯田 慎仁
7/16④
15 まとめ 全体の確認と復習を行う。 齋藤 裕
7/23④
No. 1
項目
イントロダクション
内容
本科目で扱う生命科学の様々な問題について俯瞰する。本科目で必要となる機械学習の基礎知識について復習する。
担当者
齋藤 裕
日時
4/9④
No. 2
項目
生物配列の言語モデル1
内容
再帰型ニューラルネットワークやトランスフォーマーなどの深層学習モデルにもとづく生物配列の言語モデルについて学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
4/16④
No. 3
項目
生物配列の言語モデル2
内容
言語モデルを用いた生物配列からの特徴抽出(分散表現)とその利用について学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
4/23④
No. 4
項目
オミクスデータ解析1
内容
ゲノム解析、トランスクリプトーム解析のための機械学習モデルについて学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
5/7④
No. 5
項目
オミクスデータ解析2
内容
エピゲノム解析、1細胞解析のための機械学習モデルについて学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
5/14④
No. 6
項目
オミクスデータ解析3
内容
画像、ネットワークなどの多様なデータを解析するための機械学習モデルについて学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
5/21④
No. 7
項目
生体分子の高次構造予測1
内容
タンパク質の高次構造予測のための機械学習モデルについて学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
5/28④
No. 8
項目
生体分子の高次構造予測2
内容
RNA高次構造予測、ゲノム高次構造解析のための機械学習モデルについて学ぶ。
担当者
齋藤 裕
日時
6/4④
No. 9
項目
生物物理と機械学習1
内容
機械学習を用いた分子シミュレーションデータの解析について学ぶ。
担当者
飯田 慎仁
日時
6/11④
No. 10
項目
生物物理と機械学習2
内容
物理系の状態生成や反応速度計算のための機械学習モデルについて学ぶ。
担当者
飯田 慎仁
日時
6/18④
No. 11
項目
生物物理と機械学習3
内容
機械学習を用いた力場開発について学ぶ。
担当者
飯田 慎仁
日時
6/25④
No. 12
項目
生物物理と機械学習4
内容
生物物理と機械学習を組合せたモデルについて学ぶ。
担当者
飯田 慎仁
日時
7/2④
No. 13
項目
生命科学における機械学習プログラミング1
内容
生物配列の言語モデル、オミクスデータ解析、生体分子の高次構造予測における機械学習手法をプログラミングによって使用する方法について学ぶ。(演習形式)。
担当者
齋藤 裕
飯田 慎仁
日時
7/9④
No. 14
項目
生命科学における機械学習プログラミング2
内容
生物物理における機械学習手法をプログラミングによって使用する方法について学ぶ(演習形式)。
担当者
齋藤 裕
飯田 慎仁
日時
7/16④
No. 15
項目
まとめ
内容
全体の確認と復習を行う。
担当者
齋藤 裕
日時
7/23④

到達目標

生命科学の様々な問題に用いられる機械学習モデルについて理解できる。新しい生命科学の問題に対して機械学習モデルを自分で考案することができる。

評価方法

講義内で出題する課題(50%)、レポート課題(50%)の合計で評価する。

準備学習(予習・復習等)

【講義時間外に必要な学習の時間:60 時間】
予習:事前に配布する講義資料を読み、疑問点を明確にしておくこと。
復習:講義内課題やレポート課題を通して講義内容の理解を深めるとともに、課題提出後に配布する模範解答や講評との比較・考察を行うこと。

備考・その他

講義に関する質問はメールや対面にて受け付ける。
【関連科目:生体分子設計特論、生物配列解析特論、機械学習プログラミング】
 ※本科目は機械学習の基礎知識を前提とするため、不安がある場合には、学部科目の「人工知能・機械学習入門」や「深層学習入門」を聴講することを推奨する。

教材

種別 書名 著者・編者 発行所
教科書 配布資料あり
参考書 深層学習 改訂第2版
岡谷 貴之
講談社
教科書
書名
配布資料あり
著者・編者
発行所
参考書
書名
深層学習 改訂第2版
著者・編者
岡谷 貴之
発行所
講談社