Web Syllabus(講義概要)
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データベース概論
英文名Introduction to Database
科目概要未来工学研究科(修士課程)生命データサイエンス専攻修士1年前期、専門科目、選択、講義、2単位
科目責任者 鎌田 真由美
担当者(※は実務経験のある教員) 鎌田 真由美牧垣 秀一朗
講義室

授業の目的

データサイエンスの基盤であるデータベースについて、データベースシステムの基礎および生命科学分野での活用について学ぶ。

教育内容

生命科学分野における多様なデータベースについて、歴史的な背景から統合に向けた取組みを学ぶとともに、データベースシステムの概要と基本的な操作、そして生命科学分野での活用に不可欠なデータ統合と、Webアプリケーションへの応用のために必要な仕組みについて理解する。

教育方法

毎回内容に関するパワーポイントによる資料を配布する。また、手技を身に付けるため、項目に応じて数回程度の演習を行う。
演習課題に関する模範解答の配布及びフィードバックを行う。

卒業・学位授与の方針と当該科目の関連

DP2

授業内容(シラバス)

項目内容担当者日時
1生命科学データベース1概要説明と生命科学分野におけるデータベースの歴史と配列データベースについて概説する。鎌田 真由美
4/8④
2生命科学データベース2構造データベースとその活用事例について概説する。鎌田 真由美
4/15④
3データベースシステム1データベースの目的と意義、歴史について学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
4/22④
4データベースシステム2RDBの基礎とデータ型について理解する。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
5/13④
5SQLの基礎と操作SQLの基本と操作について理解する。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
5/20④
6SQLによるテーブル操作SQLを用いたテーブル操作について理解する。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
5/27④
7データ統合概説データベース統合の意義と取組みについて概説する。鎌田 真由美
6/3④
8グラフデータ(構造)RDFについて学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
6/10④
9グラフデータ(オントロジー)OWLオントロジーについて学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
6/17④
10グラフデータ(検索)グラフデータ検索言語SPARQLについて学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
6/24④
11グラフデータベース様々なグラフデータベースシステムについて学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
7/1④
12データ統合演習グラフデータベースを用いて演習を行う。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
7/8④
13Webアプリケーション統合結果を可視化するアプリケーション開発について演習を通して学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
7/15④
14データマネジメント大規模データベース運用(維持・更新)に関して学ぶ。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
7/22④
15まとめ全体の復習を行う。鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
7/29④
No. 1
項目
生命科学データベース1
内容
概要説明と生命科学分野におけるデータベースの歴史と配列データベースについて概説する。
担当者
鎌田 真由美
日時
4/8④
No. 2
項目
生命科学データベース2
内容
構造データベースとその活用事例について概説する。
担当者
鎌田 真由美
日時
4/15④
No. 3
項目
データベースシステム1
内容
データベースの目的と意義、歴史について学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
4/22④
No. 4
項目
データベースシステム2
内容
RDBの基礎とデータ型について理解する。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
5/13④
No. 5
項目
SQLの基礎と操作
内容
SQLの基本と操作について理解する。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
5/20④
No. 6
項目
SQLによるテーブル操作
内容
SQLを用いたテーブル操作について理解する。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
5/27④
No. 7
項目
データ統合概説
内容
データベース統合の意義と取組みについて概説する。
担当者
鎌田 真由美
日時
6/3④
No. 8
項目
グラフデータ(構造)
内容
RDFについて学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
6/10④
No. 9
項目
グラフデータ(オントロジー)
内容
OWLオントロジーについて学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
6/17④
No. 10
項目
グラフデータ(検索)
内容
グラフデータ検索言語SPARQLについて学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
6/24④
No. 11
項目
グラフデータベース
内容
様々なグラフデータベースシステムについて学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
7/1④
No. 12
項目
データ統合演習
内容
グラフデータベースを用いて演習を行う。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
7/8④
No. 13
項目
Webアプリケーション
内容
統合結果を可視化するアプリケーション開発について演習を通して学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
7/15④
No. 14
項目
データマネジメント
内容
大規模データベース運用(維持・更新)に関して学ぶ。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
7/22④
No. 15
項目
まとめ
内容
全体の復習を行う。
担当者
鎌田 真由美
牧垣 秀一朗
日時
7/29④

到達目標

生命科学分野におけるデータベースを知るとともに、その仕組みと活用のための技術について理解できるようになる。

評価方法

毎回の理解度確認課題(50%)とレポート演習課題(50%)で総合的に評価する。

準備学習(予習・復習等)

【講義時間外に必要な学習の時間:60 時間】
予習:事前に指定する次回講義に関するキーワードについて調べ、疑問点を明らかにしておく。
復習:講義中に出題する課題について解答を作成し、次回講義での解説に基づき比較・検討する。

備考・その他

講義に関する質問はメールや対面で個別に対応すると共に、重要な質問に関しては受講者全員で共有する。
【関連科目:アプリケーション開発演習】

教材

種別書名著者・編者発行所
教科書配布資料あり
参考書詳説 データベース―ストレージエンジンと分散データシステムの仕組みAlex Petrov (著), 小林隆浩 (監修)オライリージャパン
参考書オープンデータ時代の標準Web API SPARQL加藤文彦ら (著)インプレスR&D
教科書
署名
配布資料あり
著者・編者
発行所
参考書
署名
詳説 データベース―ストレージエンジンと分散データシステムの仕組み
著者・編者
Alex Petrov (著), 小林隆浩 (監修)
発行所
オライリージャパン
参考書
署名
オープンデータ時代の標準Web API SPARQL
著者・編者
加藤文彦ら (著)
発行所
インプレスR&D